Par El Gibson | Juin 27, 2022

Séquençage rapide

Le public alerté sur Omicron après une détection rapide par les scientifiques de l'UNM

Détecter les nouvelles variantes de COVID-19 au fur et à mesure qu'elles commencent à se propager est un énorme défi scientifique et logistique.

Mais grâce à deux scientifiques de l'Université du Nouveau-Mexique qui ont étudié et suivi la propagation du SRAS-CoV-2 (le virus qui cause le COVID-19) depuis le début de la pandémie, la surveillance génomique est la façon dont nous avons su quand la variante Omicron a été la première introduit au Nouveau-Mexique.

En décembre 2021, Darrell L. Dinwiddie, PhD, et Daryl Domman, PhD, co-responsables du programme de surveillance génomique du SRAS-CoV-2 au Centre des sciences de la santé de l'Université du Nouveau-Mexique (soutenu par l'Institut national des sciences médicales générales) , a détecté le premier cas connu de la variante Omicron dans l'État, ce qui a ensuite permis une réponse rapide de la santé publique.

Nous essayons de faire une analyse assez en temps réel où nous obtenons des échantillons et les traitons pour le séquençage aussi rapidement que possible. Ensuite, nous pouvons fournir des informations aux autorités de santé publique et à nos cliniciens, car les politiques peuvent être modifiées lorsqu'il existe une variante plus transmissible.

- Darrell Dinwiddie, PhD

Moins d'une semaine après qu'un patient de l'hôpital UNM ait été testé positif au COVID-19, le laboratoire de Domman, qui gère l'analyse des séquences du génome du SRAS-CoV-2, a déterminé que l'échantillon était la variante Omicron.

Domman et Dinwiddie ont immédiatement informé le ministère de la Santé du Nouveau-Mexique (DOH). Le lendemain, le DOH a pu publier une annonce d'intérêt public indiquant qu'Omicron était arrivé dans l'État et a encouragé des précautions supplémentaires.

"Ce fut un revirement assez rapide", a déclaré Dinwiddie.

Dinwiddie, professeur adjoint au Département de pédiatrie de l'UNM, a déclaré que l'étude et le suivi du SRAS-CoV-2 et de ses variantes ont également été utiles pour surveiller l'efficacité des vaccins.

"Lorsque nous commençons à voir une réduction de la protection des personnes vaccinées lorsqu'une nouvelle souche de SRAS-CoV-2 apparaît, cela indique que leur immunité est peut-être en déclin", a déclaré Dinwiddie. "Cela peut être utilisé par le CDC et la FDA pour voir s'ils doivent approuver un autre rappel."

Avant la pandémie, Dinwiddie, professeur adjoint au Département de médecine interne, a étudié d'autres virus respiratoires à l'aide de tests génomiques, et Domman s'est concentré sur la surveillance génomique du choléra à l'échelle mondiale. Domman a déclaré que leurs domaines d'expertise s'accordaient bien lorsqu'il était temps de se concentrer sur le virus SARS-CoV-2 au début de 2020.

Je pense que nous avons des compétences vraiment complémentaires. Je pense que pour nous deux, ce fut une transition assez facile d'appliquer nos compétences au SARS-CoV-2, et c'est pourquoi nous avons pu pivoter si rapidement et faire avancer les choses

- Daryl Dommann, PhD

"Je pense que nous avons des compétences vraiment complémentaires", a déclaré Domman. "Je pense que pour nous deux, la transition a été assez facile pour appliquer nos compétences au SRAS-CoV-2, et c'est pourquoi nous avons pu pivoter si rapidement et faire avancer les choses."

Les deux ont séquencé des échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 de l'hôpital UNM et des hôpitaux du Nouveau-Mexique, ainsi que d'une grande société de tests de diagnostic appelée TriCore Reference Laboratories.

"Cela nous a vraiment donné un aperçu de la façon dont le virus a été introduit dans l'État et de l'origine de ces infections", a déclaré Dinwiddie. "Ensuite, nous pourrions suivre ceux qui sont entrés et ont conduit à la propagation de la communauté."

Alors que les États-Unis se sont considérablement améliorés dans le travail de détective génomique au cours des deux dernières années, il y a une chose qui les a ralentis : les tests COVID-19 à domicile.

Bien sûr, les avantages des tests à domicile l'emportent sur les négatifs, mais ces échantillons positifs ne sont pas introduits dans le système de surveillance.

"Cela a des effets dramatiques non seulement pour nous, mais pour le nombre de cas", a déclaré Domman. "En termes d'accès aux échantillons et de compréhension de ce qui circule dans l'État, aux niveaux régional et national, c'est définitivement un problème que nous devons surmonter."

Pour lutter contre ce problème, Domman a déclaré que leurs efforts, avec TriCore et le DOH, l'objectif pour le Nouveau-Mexique est de séquencer au moins 5% de tous les cas positifs au cours d'un mois donné.

"C'est une très bonne ligne de base", a-t-il déclaré. "A ce niveau, nous capterons généralement les variantes et sous-variantes qui circulent dans l'État."