Valeur pronostique et modèles de co-expression des voies métaboliques dans les cancers

Dan Zhang, Yan Guo et Ni Xie | le 29 décembre, 2020
Contexte: Des voies métaboliques anormales ont été considérées comme l'une des caractéristiques du cancer. Tandis que
de nombreuses voies métaboliques ont été étudiées dans divers cancers, le lien direct entre la voie métabolique
l'expression des gènes et le pronostic du cancer n'ont pas été établis.
Resultats: À l'aide de deux méthodes d'analyse bioinformatique récemment développées, nous avons évalué le potentiel pronostique de
expression de la voie métabolique et dérèglements tumoraux par rapport à la normale pour jusqu'à 29 voies métaboliques dans 33 cancers
les types. Les résultats montrent que l'augmentation de l'expression des gènes métaboliques dans les tumeurs correspond à un mauvais pronostic du cancer.
L'analyse de la co-expression métadifférentielle a identifié quatre voies métaboliques avec une co-expression globale significative
perturbation du réseau entre les échantillons tumoraux et normaux. Analyse d'expression différentielle des voies métaboliques
a également démontré une forte perturbation de l'expression génique entre les échantillons tumoraux et normaux appariés.
Conclusion: Pris ensemble, ces résultats suggèrent fortement que les expressions des gènes de la voie métabolique sont
perturbé après tumorigenèse. Dans les tumeurs, de nombreuses voies métaboliques sont régulées à la hausse pour que les cellules tumorales s'activent
métabolismes correspondants pour maintenir l'énergie nécessaire à la division cellulaire.
Mots clés: Voie métabolique, Analyse de méta-co-expression, Score composite d'expression génique, Cancer

L'autozygotie globale est associée au risque de cancer, à la signature mutationnelle et au pronostic

Limin Jiang, Fei Guo, Jijun Tang, Shuguan Leng, Scott Ness, Fei Ye, Huining Kang, David C. Samuels et Yan Guo | le 04 décembre, 2020
L'autozygotie globale sous forme de séries d'homozygotie est associée à diverses maladies. Le rapport d'hétérozygotie, une mesure alternative de l'autozygotie globale, est utilisé pour évaluer le risque de cancer dans cette étude. Notre analyse montre des associations fortes et cohérentes entre les rapports d'hétérozygotie et divers types de cancer. Une analyse plus approfondie révèle les liens potentiels du rapport d'hétérozygotie avec les signatures mutationnelles et le pronostic du cancer.