Détectives génomiques

Des scientifiques de l'UNM étudient les variations du coronavirus pour obtenir des indices sur ce qui va suivre

Comme le nouveau coronavirus - connu des scientifiques sous le nom de SARS-CoV-2 - se reproduit, des variations apparaissent dans son code génétique. S'accumulant au fil du temps, ces changements sont comme des empreintes digitales, laissant une trace révélatrice d'indices sur l'endroit où le virus a été et où il pourrait se diriger.

Les scientifiques de l'Université du Nouveau-Mexique, Darrell L. Dinwiddie, PhD, et Daryl Domman, PhD, sont jouer le rôle de détectives génomiques essayant de résoudre l'affaire.

Ils font partie d'un consortium national nouvellement formé d'universités de recherche et de départements de santé publique cherchant à suivre la maladie. Baptisé SARS-CoV-2 SPHÈRES, le programme est parrainé par le Centre national des maladies infectieuses émergentes et zoonotiques (une branche des Centers for Disease Control and Prevention) afin de mettre en commun des informations cruciales sur le virus.

Dinwiddie, professeur adjoint au département de pédiatrie de l'UNM, a séquencé des centaines d'échantillons de coronavirus obtenus du ministère de la Santé du Nouveau-Mexique et du Wyoming Public Health Laboratory dans son laboratoire de génomique moléculaire au cours des dernières semaines.

"Nous avons récemment terminé les 48 premiers génomes du Nouveau-Mexique", dit-il. "Il y a de fortes indications que la majorité des premières infections dans l'État étaient liées à des voyages dans le monde entier."

Dinwiddie a collaboré à l'analyse avec Domman, PhD, professeur adjoint au département de médecine interne. "Il fait beaucoup de ce que nous appelons l'épidémiologie génomique", dit Dinwiddie, ajoutant que Doman a de l'expérience suite à des épidémies de choléra dans le monde. "Nous utilisons des méthodes très similaires pour enquêter sur le SRAS-CoV-2."

Le nouveau génome du coronavirus est codé dans les brins d'une molécule appelée ARN. Des changements mineurs dans la séquence de nucléotides dans le brin fournissent des informations sur le degré de parenté entre un échantillon viral et un autre.

Des scientifiques comme Dinwiddie et Domman travaillent dur pour créer une bibliothèque de ces échantillons pour créer un arbre généalogique viral.

Une analyse préliminaire d'échantillons collectés au Nouveau-Mexique suggère qu'il y a eu de multiples introductions du virus dans l'État, ce qui est cohérent avec les premiers rapports de cas parmi des personnes ayant voyagé à l'étranger ou dans le pays.

"Nous pouvons également dire d'après les premières analyses génomiques que la majorité des échantillons sont plus similaires aux souches provenant d'Europe ou de New York", dit-il. "Nous n'en voyons pas beaucoup qui sont étroitement liés à ceux de la Chine."

La variation génomique dans la reproduction virale est un processus naturel. "Pour le SARS-CoV-2 S, le taux de changement génomique a été assez stable", a déclaré Dinwiddie. "Nous savons à quelle vitesse cela change. Sur la base de ces informations, nous pouvons faire des prédictions sur l'origine des différents échantillons."

Les échantillons viraux sont prélevés sur des écouvillons nasaux prélevés sur des patients qui ont été testés positifs pour une infection à coronavirus. Ils sont manipulés à l'aide de procédures de biosécurité et inactivés afin qu'ils ne soient plus infectieux, explique Dinwiddie.