Le programme offre des opportunités de recherche aux étudiants de premier cycle
Par Michael Haederle
Puzzle de pandémie
Les scientifiques de l'UNM veulent savoir pourquoi certains groupes souffrent de symptômes COVID-19 plus graves
En mai 2020, alors que le nombre croissant de patients atteints de COVID-19 étaient admis à l'hôpital de l'Université du Nouveau-Mexique, DJ Perkins et ses collègues ont lancé une étude pour tenter de comprendre pourquoi certains patients sont devenus beaucoup plus malades que d'autres.
Chaque patient inclus dans l'étude a subi des écouvillonnages nasaux ou nasopharyngés sept jours différents sur une période de deux semaines pour mesurer la charge virale dans les voies respiratoires supérieures. A chaque occasion, un échantillon de sang a également été prélevé et testé pour la présence de virus et la réponse immunitaire.
Maintenant, après avoir inscrit 365 patients (et plus), l'étude a reçu une subvention de 2.3 millions de dollars de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses – et une orientation plus précise.
« L'une des choses dont nous avons été témoins chez nos patients hospitalisés, c'est qu'il y avait une surreprésentation de patients qui étaient des Indiens d'Amérique/indigènes de l'Alaska », a déclaré Perkins, professeur et directeur du Center for Global Health de l'UNM School of Medicine. «Cela a vraiment formé l'épicentre de la subvention. . . pour comprendre comment les différents groupes ancestraux du Nouveau-Mexique réagissent au virus et comment cela a un impact sur la gravité de leur maladie. »
À l'UNMH, qui traite des patients de toute la région de Four Corners, 47% des patients COVID-19 inscrits à l'étude étaient des Indiens d'Amérique / natifs de l'Alaska, a déclaré Perkins. Et au Nouveau-Mexique, en tenant compte de la taille de la population, ils ont un risque d'infection 3.3 fois supérieur, un taux d'hospitalisation 7.9 fois plus élevé et des taux de mortalité ajustés en fonction de l'âge 10.6 fois plus élevés.
Certains patients de l'étude se sont rétablis si rapidement qu'ils sont sortis avant la fin de la période de collecte de données de 14 jours, a déclaré Perkins, tandis que d'autres sont restés hospitalisés plus longtemps et certains ont succombé à la maladie.
Nous sommes idéalement placés pour combler les lacunes importantes dans les connaissances sur la base moléculaire de la gravité et de la mortalité accrues de la maladie COVID-19 dans les groupes ancestraux touchés de manière disproportionnée
La diversité ethnique et raciale du Nouveau-Mexique offre certains avantages pour l'étude, a déclaré Perkins. « Nous sommes particulièrement bien placés pour combler les lacunes importantes dans les connaissances sur la base moléculaire de la gravité et de la mortalité accrues de la maladie COVID-19 dans les groupes ancestraux touchés de manière disproportionnée. »
Le prélèvement de plusieurs échantillons au fil du temps a permis aux chercheurs de brosser un tableau de la dynamique de la charge virale – la vitesse et l'efficacité avec lesquelles le corps réagit à une infection virale. L'équipe espère qu'une analyse plus approfondie révélera quels gènes exposent les gens à un plus grand risque de maladie grave, a déclaré Perkins.
Chaque échantillon de sang collecté dans l'étude a été analysé pour son transcriptome - une lecture d'ARN des gènes exprimés. "Cela nous permet d'examiner comment les charges virales, à la fois dans les voies respiratoires supérieures et dans la circulation, affectent la réponse immunitaire", a déclaré Perkins.
"Nous utilisons des algorithmes logiciels pour placer ces gènes qui sont exprimés de manière différentielle dans différents pipelines informatiques, afin que vous puissiez trouver des signaux qui diffèrent entre les maladies graves et non graves", a-t-il déclaré. « Une fois que vous avez identifié ces signaux, ceux-ci deviennent des cibles thérapeutiques pour de nouveaux traitements pour COVID-19. »
Alors que l'analyse révèle ces voies génétiques uniques conduisant à une maladie grave, "vous pouvez alors rechercher des médicaments approuvés par la FDA pour d'autres maladies qui pourraient cibler ces gènes et réseaux de gènes", a-t-il déclaré.
Créer une image plus claire de qui est le plus à risque de maladie grave et extraire les données pour trouver des indices concernant les thérapies potentielles a ses propres récompenses, a déclaré Perkins. « J’espère que nous pourrons avoir un impact positif sur les défis COVID-19 au Nouveau-Mexique. »