Génomique des agents pathogènes
Mon laboratoire utilise la génomique pour étudier comment les maladies infectieuses peuvent provoquer des pandémies et se propager rapidement à travers le monde. Grâce à cela, nous espérons orienter de meilleurs programmes de contrôle qui seront beaucoup plus efficaces pour endiguer la propagation des maladies. Nous poursuivons actuellement trois thèmes principaux qui incluent (1) la dynamique de transmission et l'évolution de la pandémie de choléra, (2) l'épidémiologie génomique du SRAS-CoV-2 à travers la montagne ouest et (3) l'application des approches One Health pour comprendre la résistance aux antimicrobiens .
Le choléra est un excellent modèle pour comprendre de nombreux aspects de l'épidémiologie des maladies diarrhéiques en raison de la nature explosive des épidémies et des selles distinctes d'eau de riz. Sur la base de nos enquêtes plus globales sur la transmission, nous nous concentrons sur la manière dont nous pouvons utiliser ces informations génomiques à des échelles spatiales pertinentes pour les interventions de santé publique, telles que les ménages ou les districts. Nous nous intéressons également à l'utilité du séquençage en temps réel pour fournir des estimations indépendantes des paramètres épidémiologiques clés, tels que R0 et des estimations du nombre total de cas. Avec ces outils, nous pouvons fournir de meilleures prévisions sur l'endroit où la prochaine épidémie de choléra pourrait se produire et nous pouvons concevoir des interventions rationnelles et fondées sur des preuves pour arrêter le choléra dans les régions touchées
À partir de mars 2020, mon laboratoire s'est rapidement adapté pour travailler sur le séquençage des génomes du SARS-CoV-2, le virus responsable de la pandémie actuelle de COVID-19. Avec le laboratoire de Darrell Dinwiddie (UNM), nous sommes le responsable du séquençage et de la génomique pour le Nouveau-Mexique et le Wyoming et faisons partie du consortium CDC-SPHERES. Nous travaillons en étroite collaboration avec les ministères de la Santé du NM et du WY, le Laboratoire national de Los Alamos, ainsi qu'avec les installations de test régionales pour obtenir des échantillons et fournir des analyses pertinentes pour l'analyse de l'épidémie et l'historique de transmission du virus dans la région de Mountain West. À ce titre, nous avons séquencé près de 1,000 2 génomes viraux d'États de la région. Notre objectif est de fournir des données exploitables à nos responsables de la santé publique sur la façon dont le SRAS-CoV-XNUMX se propage au sein et entre les communautés et les États.
Nous avons également un vif intérêt à appliquer ces techniques d'épidémiologie génomique pour comprendre comment les gènes de résistance aux antimicrobiens se déplacent dans les populations bactériennes et les pressions qui entraînent cette propagation. L'utilisation inappropriée d'antimicrobiens en médecine animale et humaine contribue à l'augmentation de la résistance des agents pathogènes bactériens clés, tels que Salmonella sp. et Escherichia coli. Étant donné que la santé des humains dépend de la santé de l'environnement et de la santé animale (c'est-à-dire une seule santé), il est primordial de comprendre comment les gènes de RAM et les agents pathogènes résistants se déplacent entre les populations animales, humaines et environnementales.