Le choléra constitue un excellent modèle pour comprendre de nombreux aspects de l'épidémiologie des maladies diarrhéiques, en raison de la nature explosive des épidémies et de la couleur caractéristique des selles (aspect « eau de riz »). Forts de nos recherches sur la transmission à l'échelle mondiale, nous nous intéressons désormais à la manière d'utiliser ces informations génomiques à des échelles spatiales pertinentes pour les interventions de santé publique, telles que les ménages ou les districts. Nous étudions également l'utilité du séquençage en temps réel pour fournir des estimations indépendantes de paramètres épidémiologiques clés, comme le R0 _et le nombre total de cas. Grâce à ces outils, nous pourrons mieux prédire où se déclarera la prochaine épidémie de choléra et concevoir des interventions rationnelles et fondées sur des données probantes pour enrayer le choléra dans les régions touchées.

À partir de mars 2020, mon laboratoire s'est rapidement adapté pour travailler sur le séquençage des génomes du SARS-CoV-2, le virus responsable de la pandémie actuelle de COVID-19. Avec le laboratoire de Darrell Dinwiddie (UNM), nous sommes le responsable du séquençage et de la génomique pour le Nouveau-Mexique et le Wyoming et faisons partie du consortium CDC-SPHERES. Nous travaillons en étroite collaboration avec les ministères de la Santé du NM et du WY, le Laboratoire national de Los Alamos, ainsi qu'avec les installations de test régionales pour obtenir des échantillons et fournir des analyses pertinentes pour l'analyse de l'épidémie et l'historique de transmission du virus dans la région de Mountain West. À ce titre, nous avons séquencé près de 1,000 2 génomes viraux d'États de la région. Notre objectif est de fournir des données exploitables à nos responsables de la santé publique sur la façon dont le SRAS-CoV-XNUMX se propage au sein et entre les communautés et les États.

Nous avons également un vif intérêt à appliquer ces techniques d'épidémiologie génomique pour comprendre comment les gènes de résistance aux antimicrobiens se déplacent dans les populations bactériennes et les pressions qui entraînent cette propagation. L'utilisation inappropriée d'antimicrobiens en médecine animale et humaine contribue à l'augmentation de la résistance des agents pathogènes bactériens clés, tels que Salmonella sp. et Escherichia coli. Étant donné que la santé des humains dépend de la santé de l'environnement et de la santé animale (c'est-à-dire une seule santé), il est primordial de comprendre comment les gènes de RAM et les agents pathogènes résistants se déplacent entre les populations animales, humaines et environnementales.